关于公司车牌注册顺风车是否违法，以及如何处理，这个问题需要依据具体的法律规定和实际情况来判断。
在一些地区，使用公司车辆注册顺风车进行运营可能是允许的，但前提是必须遵守相关的法律法规和规定，如果公司车辆注册顺风车运营过程中存在违法行为，比如无证运营、超载等，那么就会受到相应的处罚，具体的法律责任和处罚措施取决于当地的交通法规和运输管理规定。
如果公司车牌注册顺风车确实存在违法行为，建议按照以下步骤处理：
1、了解相关法规：需要了解当地的交通法规和运输管理规定，确认公司车牌注册顺风车的合法性以及相关规定。
2、自行整改：如果公司车辆存在违法行为，应立即停止运营并进行整改，包括办理相关证件、遵守规定等。
3、接受处罚：如果已经被相关部门查处并受到处罚，应按照规定接受处罚，并尽快完成整改。
4、寻求帮助：如果对相关法规不清楚或者不知道如何整改，可以咨询相关部门或者寻求专业的法律咨询。
公司车牌注册顺风车是否违法需要依据当地的法规和实际情况来判断，如果确实存在违法行为，应尽快整改并接受相关处罚，建议在运营前咨询当地相关部门或律师，以确保合法合规。
