日本公司在中国注册分公司需要遵循一定的程序和规定。一般来说，流程如下。
1、设立外商投资企业申请报告。
2、投资者主体资格证明或身份证明文件，需要投资者日本公司出具的在有效期内的营业执照或登记注册证明文件原件扫描件及公司章程复印件加盖公章，如果由代理公司办理，还需要提供代理委托书原件加盖公章，还需要提供法定代表人身份证明复印件及一寸照片两张，如果日本公司有在中国设立分公司或办事处等分支机构，还需要提供该机构营业执照复印件及公章使用授权书等文件。
3、投资方银行资信证明原件（包括注册资金信用证明和整体资信证明），银行资信证明是日本公司在中国投资的重要资质文件之一，可以证明公司的资金实力和信用状况，注册资金信用证明是证明日本公司在中国的投资资金情况的文件，整体资信证明则是证明公司整体信用状况的文件。
4、拟设立外商投资企业的名称、注册资本额、各方出资比例等相关信息，分公司名称应符合中国的命名规则，注册资本可以根据具体情况确定，各方出资比例则应根据合作协议或合同确定。
5、其他相关文件，包括投资方的授权书、合作协议或合同等，这些文件是证明投资方意愿和合作方式的重要文件。
准备好以上材料后，需向当地工商部门提交申请设立外商投资企业的报告及相关材料，工商部门审核通过后，会颁发外商投资企业批准证书以及营业执照等文件，整个过程可能需要一定的时间，建议与日本当地的律师或专业服务机构合作以确保顺利注册分公司，具体的注册流程和所需材料可能会因地区和行业差异而有所变化，建议提前咨询当地相关部门获取最新信息。
仅供参考，建议咨询专业律师以获取更全面准确的信息和具体流程。
