公司可能会查到员工使用公司车辆注册顺风车的情况。这主要取决于公司的具体政策和措施。一些公司可能会通过GPS定位、行车记录等方式来监控车辆的使用情况，包括是否从事顺风车业务。此外，公司也可能通过员工反馈、举报等方式了解到相关情况。因此，如果员工使用公司车辆从事顺风车业务，公司是有可能发现的。
如果公司不允许员工使用公司车辆进行顺风车业务，那么员工应该遵守公司的规定，避免使用公司车辆从事非公司业务的相关活动，如果员工坚持要从事顺风车业务，建议与公司进行沟通并获得批准，以确保合法合规地运营，具体情况需要根据公司的实际规定和监控能力来确定。
