如果在注册12306时遇到提示电话号码已经被注册的情况，可以采取以下步骤进行处理。
1、确认号码是否确实已被注册：可以通过拨打其他服务热线或联系客服确认自己的电话号码是否已经注册过，确认后，再决定下一步操作。
2、找回账号：如果确认电话已经被注册，可以尝试通过找回密码或者联系客服来找回已有的账号。
3、注销原有账号：如果找回账号后发现之前注册时填写的信息有误或不再使用，可以联系客服申请注销原有账号，然后再重新注册。
4、使用其他号码注册：如果无法找回账号或者注销原有账号，并且确实需要注册新账号，可以尝试使用其他未注册的电话号码进行注册。
5、向12306客服咨询：如果仍然无法解决问题，可以直接联系12306的客服，向他们咨询并寻求帮助，他们可能会要求提供一些信息以验证身份，然后协助解决电话号码被注册的问题。
在处理过程中，请注意保护个人信息和隐私，避免泄露敏感信息，如果遇到困难或不确定如何处理，建议咨询相关专业人士的意见。
