如果注册会计师在对财务报表进行审计时发现问题，他们通常会采取一系列措施来应对和解决这些问题。以下是可能的处理方式。
1、详细记录问题：注册会计师会详细记录发现的每一个问题，包括问题的性质、影响范围和可能的影响程度等，这有助于他们了解问题的严重性并制定相应的解决方案。
2、与管理层沟通：注册会计师会与被审计单位的管理层进行沟通，告知他们在审计过程中发现的问题，并要求他们解释和澄清相关问题，这种沟通有助于双方理解彼此的观点，并共同寻找解决方案。
3、进一步检查：注册会计师可能会对财务报表中的问题进行进一步检查，例如重新计算数据、验证数据来源等，以确保问题的真实性和准确性。
4、出具保留意见或否定意见的报告：如果注册会计师发现财务报表存在重大错误或遗漏，他们可能会在审计报告中出具保留意见或否定意见，这表示他们对财务报表的可靠性持有疑虑，并提醒报表使用者注意相关风险。
5、建议改进：注册会计师可能会向被审计单位提出改进建议，例如改进内部控制、提高数据质量等，以帮助被审计单位改善财务报表的准确性和完整性。
注册会计师在审计过程中发现问题时，会采取适当的措施来解决这些问题，并确保财务报表的准确性和可靠性，如果您需要具体的建议或解决方案，请咨询专业的注册会计师或会计师事务所。
