在日本注册公司并经营是可以长期居住的。一般来说，如果在日本注册公司并成功经营，可以申请长期居留签证，如经营管理签证和技术类签证等。其中，经营管理签证是针对在日本经营公司的外国人设立的长期居留签证。只要满足一定的条件，如拥有公司实体、实际开展业务等，可以申请经营管理签证，并在满足一定条件后申请日本永久居留权。此外，技术类签证也可以作为长期在日本居住的方式之一。因此，在日本注册公司并成功经营可以长期居住。
具体的申请条件和程序可能因个人情况而异，建议咨询日本相关政府部门或专业移民机构以获取准确信息。
