农村自建房注册公司拆迁的赔偿涉及多个因素，包括房屋本身的价值、停产停业损失、设备搬迁费用等。具体的赔偿标准会根据当地政策和具体情况有所不同。一般来说，赔偿方案可能包括以下几个方面。
1、房屋价值的赔偿：会依据房屋的面积、结构、装修等因素进行评估，给出相应的赔偿金额。
2、停产停业损失的赔偿：因拆迁导致的停产停业损失，可能会有一定的赔偿，这部分赔偿会考虑公司的经营规模、经营状况、营业收入等因素。
3、设备搬迁费用：公司拆迁涉及到的设备搬迁费用也会得到赔偿，包括设备的拆卸、运输、安装等费用。
4、注册公司的相关赔偿：如果自建房是用于注册公司的，可能会根据公司的经营状况、员工安置等因素给予额外的赔偿。
要获得准确的赔偿标准，需要参考当地具体的政策法规，并与拆迁方进行详细的谈判，建议咨询当地相关部门或法律专家，以获得更详细的信息和建议，如果认为赔偿方案不合理，可以寻求法律途径解决争议。
仅供参考，并不能替代专业法律建议，每个案件都有其独特性，因此建议寻求专业法律帮助来获取更详细和准确的建议。
