如果公司在杭州注册，但在上海经营，需要注意以下几个方面。
1、注册地与经营地不一致的问题：公司注册地在杭州，却在上海经营，属于异地经营，按照工商法的规定，企业必须在注册地址经营，如果需要在其他地方经营，则需要办理相关的变更登记手续或者设立分支机构，建议企业在上海设立分公司或进行变更登记手续，以避免法律风险。
2、税务方面的问题：公司需要在上海当地的税务局进行税务登记，并按时申报纳税，由于公司在杭州注册，还需要向杭州的税务机关申报纳税并遵守相关税收政策，公司需要建立完善的财务管理制度，确保按时缴纳税款并避免税务风险。
3、资质许可和监管要求：某些行业或业务可能需要特定的资质或许可才能在特定地区经营，公司需要了解上海对于其行业的具体要求和规定，并确保获得必要的资质或许可，公司还需要遵守上海当地的相关监管要求，以确保业务的合规运营。
4、劳动合同和用工问题：公司在上海经营时需要考虑用工问题，包括招聘、劳动合同、社保等方面，由于不同地区的劳动法规有所不同，公司需要了解并遵守上海当地的劳动法规，以确保用工的合规性。
公司在杭州注册但在上海经营需要遵守各地的法律法规和政策规定，确保业务的合规运营，建议公司在开展业务前充分了解相关法规和政策，并咨询专业人士的意见。
