单位车辆注册顺风车是否违法以及如何处理，需要根据具体情况进行判断。
需要明确的是，顺风车是指营运车辆以非营利的方式，为出行路线相同的乘客提供便利搭乘服务的行为，如果单位车辆符合营运车辆的标准并获得了相应的许可，那么注册顺风车并不违法，如果单位车辆并非营运车辆或者未获得相关许可，从事顺风车服务则可能违法。
如果单位车辆未经许可从事顺风车服务被查处，处理方式可能会因地区和具体情况而有所不同，相关部门可能会对其进行罚款、扣分等处罚，并要求其停止从事顺风车服务，单位车辆所属的公司或组织也可能会对其行为进行内部处理。
为了避免不必要的法律风险和经济损失，单位车辆如果想要从事顺风车服务，应该首先了解当地的相关法规和政策，确保符合相关规定并获得相应的许可，在从事顺风车服务时，应该遵守相关规定，确保服务的安全和合法性。
仅供参考，如有任何疑问，建议咨询法律相关的专业人士或机构，他们可以提供更专业的建议和指导，以确保相关操作的合法性并避免不必要的风险。
